超临界CO2萃取的工艺流程是根据不同的萃取对象和为完成不同的工作任务而设置的。如图为最简单的工艺流程，主要分为提取段和分离段，其中提取段指溶质由原料转移至二氧化碳流体过程，分离段指溶质和二氧化碳分离及不同溶质间的分离。在超临界二氧化碳萃取的实际操作过程中会受到很多因素的影响，而导致我们采用不同的萃取工艺流程。这些影响主要有：

（1）萃取压力的影响
　　萃取压力是SFE最重要的参数之一，萃取温度一定时，压力增大，流体密度增大，溶剂强度增强，溶剂的溶解度就增大。对于不同的物质，其萃取压力有很大的不同。

（2）萃取温度的影响
　　温度对超临界流体溶解能力影响比较复杂，在一定压力下，升高温度被萃取物挥发性增加，这样就增加了被萃取物在超临界气相中的浓度，从而使萃取量增大；但另一方面，温度升高，超临界流体密度降低，从而使溶解度减小，而导致萃取量降低。因此，在选择萃取温度时要综合这两个因素考虑。

（3）原料粒度的影响
　　原料粒度大小可影响提取回收率，减小原料粒度，可增加固体与溶剂的接触面积，从而使萃取速度提高。不过，粒度如过小、过细，不仅会严重堵塞筛孔，造成萃取器出口过滤网的堵塞。

（4）CO2流量的影响
　　CO2的流量的变化对超临界萃取有两个方面的影响。CO2的流量太大，会造成萃取器内CO2流速增加，CO2停留时间缩短，与被萃取物接触时间减少，不利于萃取率的提高。但另一方面，CO2的流量增加，可增大萃取过程的传质推动力，相应地增大传质系数，使传质速率加快，从而提高SFE的萃取能力。因此，合理选择CO2的流量在SFE中也相当重要。

（5）夹带剂的选择
　　超临界流体萃取的溶剂大多数是非极性或弱极性，对亲脂类物质的溶解度较大，对较大极性的物质溶解度较小。针对这一问题，在纯的超临界CO2中加入一定量的极性成分（即夹带剂）可显著地改变超临界CO2流体的极性，拓宽其适用范围。